1、生态环境破坏、渔业资源衰退。一方面工农业和生活污染导致传统养殖水域丧失养殖功能，渔业污染事故时常发生；另一方面随着城市化、工业化进程的加快，有限的养殖水面资源日趋减少；加上太湖水环境整治，滆湖、长荡湖围网养殖面积缩减7万亩，使得养殖水域越加变少，渔业资源快速衰退。 
　　2、渔业经营体制不尽完善。发展水产养殖产业化经营，是扩大养殖规模和提高产品质量，实施现代渔业，带动更多渔民致富的有效途径。但是，目前渔业生产仍然以农民家庭或个人合伙承包经营方式占绝大多数，养殖面积分散、经营规模偏小、管理水平较低、抗风险能力较弱。而现有的多数“龙头企业”仅限于解决渔民生产、销售中的一些困难，带动作用有限，制约着渔业向深层次发展。新技术、优良品种得不到及时的推广，也给产业化经营、科学化管理带来了困难。 
　　3、渔业基础设施老化。多年养殖的池埂坍塌、鱼池淤泥沉积严重，电力设施配备不足，池塘改造投入不足，直接影响到了现代渔业的实施。 
　　4、龙头企业的数量和规模制约了产业辐射带动和产品的市场竞争力。一方面龙头企业生产规模小、数量少，国家与地方财政扶持、引导龙头企业发展的政策措施不充分、不配套，且渔业补贴管理过程存在许多问题，如补贴结构不合理主要表现为补贴结构中的“不可申诉补贴”（绿色补贴）的比重低等现象[2]。另一方面，这些企业的质量意识、创新意识薄弱，市场竞争力不强，抵御市场风险能力较弱，发展后劲不足。 
　　5、专业协会、专业批发市场等中介组织发育程度不高，信息反馈滞后，龙头企业与渔户缺乏有效的连接载体，不能实现生产者同国内外市场的有效对接，生产中存在较大的盲从性和从众倾向。渔业市场经济秩序不够规范，行业自律须进一步加强。 
　　6、养殖行业管理相对滞后，渔业行政监管尚未完善。苗种、饲料、鱼药等渔需物资质量良莠不齐，投入品使用不规范现象依然存在，渔业标准与质量监测体系不健全，水产养殖病害防治体系和渔业环境监测体系建设不完善，养殖产品质量安全面临严峻挑战；渔业资源的保护和管理也有待加强。

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