根据上述职责，市粮食局设6个内设机构：
（一）办公室
组织协调局机关政务工作，组织全局性会议及活动，起草重要文稿；负责局机关日常文秘、政务信息、督查督办、提案、档案、信访、机要、保密、接待、政府采购等工作；负责局机关信息化建设和政务公开工作。配合牵头处室做好相关工作。
（二）购销储备处（行政服务处）
拟订全市粮食宏观调控、总量平衡以及粮食流通中长期规划；提出地方储备粮油规模、品种、总体布局以及收购、动用市级储备粮的建议和市级储备粮油轮换计划；拟订地方储备粮油有关管理制度，并督促实施；承担全市粮油市场安全保供、监测预警和应急有关工作；组织开展政策性粮食收购工作，指导全市粮食购销和产销衔接；负责贯彻执行国家军粮供应政策，做好部队、救灾救助和特需粮油的供应；承办粮食经营者粮食收购资格审核管理工作，承担粮食流通统计工作；协助做好中央和省级储备粮的收购、储存、调运等工作；负责仓储设施改造工作，承担粮油仓储管理、安全储存和储粮新技术的推广应用。
（三）产业发展处
编制全市粮食行业发展规划，落实现代粮食流通产业发展政策，提出粮食产业结构调整方向和实施意见；监测全市粮食经济运行，指导推进粮食现代物流、粮油精深加工和产业化经营，承担粮食行业科技和新技术推广工作管理；拟订全市粮食流通基础设施建设规划，并承担其国有投资项目管理和协调工作；配合协调全市粮食行业食品安全监督管理，指导全市“放心粮油”推广工作；指导粮食行业安全生产工作。
（四）监督检查处（政策法规处）
依法对辖区内粮食经营者从事粮食收购、储存和运输活动以及执行国家粮食流通统计制度的情况开展监督检查；组织协调开展全市政策性粮食购销活动的监督检查；承担全市粮食库存检查工作；受理有关举报，开展相应的查处、协处工作。组织实施国家粮食流通法律、法规、规章，开展政策法规的宣传；承担有关听证、行政复议、行政诉讼和行政监督等工作；承担规范性文件审核及相关备案工作；组织实施粮食流通体制改革，指导全市国有粮食企业改革改制工作。
（五）财务审计处
协调落实粮油购销、储备、仓储物流设施建设、产业化发展等相关财政、金融、税收政策；协调粮食政策性费用项目及其补贴资金的申报、拨付、清算和使用监管；监管相关专项资金的使用；拟订地方储备粮油财会制度并监督执行；开展全市粮食财务管理、会计核算和内部审计工作；承担部门预算及有关财务管理工作；负责直属单位国有资产的管理，健全国有企业绩效考评机制。
（六）组织人事处
负责直属国有企事业单位领导班子的考核、配备和干部队伍的管理；负责直属单位党的建设和精神文明建设；负责局机关和直属单位机构编制、人事管理、劳资管理、教育培训工作；负责局机关统战、侨务、出国政审、人武和离退休老干部工作。
按有关规定设置纪委、工会、团委。