根据上述职责，常州市科学技术局设10个内设机构：
（一）办公室（市国防动员委员会科技动员办公室、市科技拥军办公室）
负责局机关政务工作协调；负责有关重要文件、管理制度的调研和起草工作；负责会议组织、文电处理、秘书事务、文书档案管理和信访、保密等政务工作；负责信息采集、报送工作；负责局机关财务预算执行、资金计划使用和资产登记管理工作；负责内事、外事接待安排工作；负责科技宣传工作；负责牵头完成人大、政协各类提案；负责安全保卫、消防、应急预案制定和局机关物资、办公设备等后勤保障服务工作；负责办公自动化、信息化的规划、实施和维护；负责市国防动员委员会科技动员、市科技拥军和科技强警工作；负责科技年鉴组稿、科技志的撰写工作。
（二）人事处（科技人才处）
负责局机关及直属单位领导干部的管理；负责局机关和指导直属单位有关干部人事、机构编制、劳动保障、专业技术职务申报等工作；负责局机关干部的教育培训；负责局机关和直属单位人员出国（境）政审工作；负责局机关离、退休人员的管理服务工作；负责全市科技奖励的组织评审工作；参与拟订科技人才引进、培养和队伍建设规划，提出相关激励政策建议，配合做好科技人才队伍建设和管理、国内外领军型科技人才引进工作，协调推进项目产业化；负责科技咨询、评估、评审专家队伍建设和管理；会同有关部门负责高科技前瞻知识的普及、培训和提高。
（三）科技法规与管理处（行政服务处）
负责科技创新政策、措施的拟订、实施；负责科技创新工作考核；会同有关部门指导、协调全市科技体制改革工作；制定科普规划和政策，会同有关部门认定、管理科普教育基地；负责科技创新政策落实推进及宣传培训；负责规范性文件制订、修订、管理工作；负责依法行政及法制宣传、教育、培训工作；编制并组织实施软科学研究计划；负责省重要技术标准项目的组织申报、争取工作；承担市科技创新政策落实联席会议办公室、市科普联席会议办公室具体工作。
（四）发展计划与财务处
组织编制全市科技发展中长期规划和各类专项科技规划，制订年度科技计划及专项科技计划；负责科学技术拨款和其它专项科技经费等有关费用的编制和管理，并对经费的使用与管理进行监督检查；牵头拟订各级各类科技计划，负责科技计划项目实施的监督管理；牵头组织科技统计工作并归口上报各类科技统计数据，负责科技进步统计监测评价工作；负责局机关财务工作，加强对直属单位的财务管理。
（五）科技服务与技术市场处（产学研合作处）
负责各类科技服务机构的管理和协调，促进中介服务体系建设；负责省重大科技成果转化专项资金项目组织和管理工作；负责组织科技成果鉴定及推广工作；负责科技奖励工作；负责拟订促进技术市场发展政策，归口技术合同认定登记工作；负责非学术性科技社团、科技类民办非企业单位的资质审查。
拟订推进产学研结合发展规划和政策；组织实施市政产学研合作项目；联系国内重点院校和科研院所，负责与市重点产学研合作单位的有关工作；负责区域科技合作，组织开展全市产学研合作成果展示洽谈等国内科技合作交流工作：联系驻常的部、省属科研院所和在常高校的有关工作；承担市产学研工作办公室的日常工作。
（六）国际科技合作处
归口管理科技外事工作,协助审核全市科技交流的项目及相关工作;负责有关科技合作、交流、培训、考察等项目和任务的组织工作;组织国际科技引智引技活动,抓好国外先进技术、成果的引进工作;负责省、市国际科技合作计划的组织申报工作;编制全市国际科技合作的计划;审核民间重要科技合作交流项目；负责对外科技宣传工作；负责国际科技合作奖的组织评审工作。
（七）高新技术发展及产业化处（工业科技处）
研究提出促进高新技术产业发展的政策措施；负责高新技术新兴产业的培育；组织实施和争取落实工业领域国家、省各类引导计划（包括科技支撑计划、高技术研究发展计划、中小企业创新基金、火炬计划等）等项目；组织编制并实施市级工业科技计划；负责制造业信息化试点工作；指导全市火炬计划特色产业基地、产业技术创新联盟、科技企业孵化器等建设，协调高新技术产业开发区以及科技产业园区有关业务工作；会同有关部门组织高新技术产业发展的统计分析、信息发布；组织高新技术企业、创新型（试点）企业、民营科技企业和高新技术产品的推荐申报等工作；推进科技金融工作。
（八）农村与社会发展科技处
会同有关部门研究提出促进农村科技发展的政策措施；组织
实施农村重大科技攻关计划、星火计划；指导农业科技示范园区、农业科技型企业、农业高新技术企业和星火技术密集区建设；指导农村科技先导型区域性支柱业的培育工作，负责科技扶贫工作；负责实验动物使用管理；编制社会发展科技规划、计划并组织实施；负责国家、省社会发展科技计划的项目申报和实施；组织实施可持续发展综合实验区等社会发展科技工作；牵头生物技术及制药产业的科技发展工作。
（九）市知识产权局法政处
贯彻落实专利及相关知识产权工作方面的法律、法规、规章和政策；牵头拟订专利及相关知识产权的政策、发展战略与规划并组织实施；负责组织重大专利项目的实施与服务；归口申报并组织实施国家和省、市下达的各类专利及相关知识产权计划；负责专利行政执法工作，依法保护专利权；协调推进相关知识产权行政执法工作；指导知识产权维权援助工作，建立知识产权预警机制。
（十）市知识产权局协调管理处
负责发布全市专利及相关知识产权重大信息；指导专利信息资源的开发利用；协调、指导全市专利及相关知识产权中介服务机构和社会团体开展专利及相关知识产权的业务工作；组织专利及相关知识产权的宣传、培训和统计工作；制定专利及相关知识产权合作和交流的政策措施，统筹协调涉外专利及相关知识产权事务；建立、完善与企业联系沟通制度，提高知识产权服务水平；归口管理专利奖励和专利资助工作；负责市保护知识产权领导小组办公室的具体工作；指导、协调辖市、区知识产权行政管理工作。
机关党委 负责局机关和直属单位的党群工作。