根据上述职责，市交通运输局设12个内设机构：
（一）办公室
协调局机关日常事务工作；指导全系统办公室业务工作；负责文秘、综合调研、政务公开、信息、督查督办、信访、机要、保密、文书档案工作；负责起草综合性文稿、重要报告、史志、年鉴；负责拟订局机关各项管理制度；组织协调局重要会议、重大活动，负责日常公务接待、后勤保障和局机关安全保卫工作；指导全系统爱国卫生、计划生育工作。
（二）政策法规处
指导全市交通运输系统法制工作。组织开展交通运输行业有关政策研究，指导交通运输行业体制改革和局属单位改革工作；负责指导、协调交通运输行业管理；负责规范性文件的审核、备案和协调工作；承担法制宣传教育工作；指导交通运输行政执法工作；负责交通运输行政执法监督工作；承办局机关行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；开展交通运输法律服务和咨询工作。
（三）规划计划处
组织编制公路、水路、地方铁路、航空等交通运输行业发展规划，编制年度实施计划；拟订交通运输行业发展战略、投融资政策；负责港口及港航设施建设使用岸线的布局规划及审查工作；负责交通基础设施建设项目的前期工作、设计审查和后期评价工作；负责交通运输行业统计工作。
（四）工程管理处
承担交通建设市场监管和基础设施建设管理工作；负责职责范围内交通基础设施建设项目的竣工验收工作；负责交通建设市场动态管理和监督检查，监督管理交通运输行业和产业项目招标投标工作；负责交通建设市场主体的资质资格管理和信用管理；指导和监督下级交通运输主管部门的交通建设市场管理工作，维护交通建设市场公平竞争秩序；负责交通工程建设实施阶段程序管理。
（五）科技信息处
负责拟订全行业科技发展规划和计划；指导重点交通运输科技项目攻关、创新技术引进和重大科技成果鉴定、推广、应用；负责职责范围内交通运输科技成果和专利的管理；指导全行业质量技改、节能减排、标准化管理工作；负责信息化建设、信息资源开发利用和网络运行工作；负责全行业通讯设备技术管理、智能交通推广应用工作。
（六）港口管理处
贯彻执行《港口法》，负责组织辖区内港口公用设施的建设、维护和管理；负责港区和港口辖区码头（含业主码头）锚地、进港航道、航标、仓储、运输、装卸等行业管理；负责港口进出港船舶的调度和指泊；依法征收相关港口规费；审核新建长江港埠企业的设立；指导、检查、督促港口货源调查和生产计划实施；负责对港口和港埠企业安全生产和危险品的监督；协调长江港口与口岸查验单位之间的联系。
（七）行政服务处
贯彻执行《行政许可法》，负责局有关行政许可事项的受理、审批、收费、发证、送达等相关工作，组织、协调、指导本系统的行政许可工作，管理本系统派驻市行政服务中心的工作人员。
（八）财务审计处
指导实施交通行业有关财务会计规章制度；组织交通建设资金的融通、统筹和调度；负责局管交通资金的拨付及使用监督；管理交通经费、预决算、外汇、信贷及利用外资等有关财务工作；负责交通规费征收管理；负责局机关财务会计日常管理工作；负责组织局机关和基层单位的内部审计工作。
（九）安全监督处(应急办公室)
贯彻实施公路、水路、地方铁路、航空安全生产政策和应急预案；负责公路、水路运输安全生产综合监督；负责协调和指导交通运输、交通工程建设的安全生产、技能培训；监督检查交通安全生产法规和安全生产责任制落实情况；依法组织或参与本行业重特大责任事故的调查处理；负责局安全生产委员会日常事务工作；承担社会治安综合治理工作；承担交通运输突发公共事件应急管理工作。
（十）组织人事处（老干部处）
指导交通运输行业队伍建设；负责局机关和直属单位的机构编制、组织人事和劳动工资工作；负责局管干部和直属单位领导班子管理；指导交通运输行业人才、职称、职业资格和技能鉴定工作；负责局管干部人事档案管理并指导下属单位干部人事档案管理工作；负责归口报表统计和党费收缴管理工作；承办局机关和局属单位出国（境）报批和政审工作；承担统战及机关离退休干部管理工作。
（十一）宣传教育处
指导全系统宣传、教育工作。负责贯彻党的路线、方针、政策的宣传工作；负责和指导交通行业精神文明创建工作、职工思想政治教育工作；负责指导局管领导干部的理论学习，拟订全局宣传、教育培训规划和年度计划并组织实施；负责交通新闻报道工作；负责局属单位政工人员的职称评定工作；负责协调和指导局属学校的教学工作；指导交通职工思想政治工作研究会工作。
（十二）交通战备处（市国防动员委员会交通战备办公室）
负责国家国防交通工作的法律法规和方针、政策的宣传、执行、检查和监督；负责编制全市交通战备工作规划、战时保障方案并组织实施；负责全市的国防交通动员和运力征用；承担市国防动员委员会交通战备的日常事务工作；组织实施交通专业保障队伍建设、军事训练和政治教育；参与交通突发事件应急处置工作；组织开展交通拥军优属工作。
机关党委 负责局机关党建工作。
按有关规定设置纪委、工会、团委。