根据上述职责，市国土资源局设10个内设机构：
（一）办公室
负责局机关文电、会务、机要、档案管理等日常工作；负责局机关并指导全市国土资源系统政务信息、宣传、新闻发言、政务公开、安全保密、协调督办、办公自动化以及国土资源信息化等工作；负责局机关和直属事业单位的资产、基建、车辆、安全保卫（保密）、计划生育等管理工作；负责局机关后勤接待保障工作；牵头负责办理人大代表建议、意见和政协委员提案；负责联系编史修志和土地学会工作。
（二）组织人事处
负责局党委文电、会务、机要等日常工作，指导辖市国土资源局、分局、局直属事业单位的组织建设和党员管理；组织和指导辖市国土资源局、分局领导班子建设，负责局管干部日常培养、选拔、考核、调配和任免等具体事务性工作；负责局机关、分局、直属事业单位并指导辖市国土资源局的机构编制和人事管理工作；负责局管干部职工教育培训，指导辖市国土资源局、分局开展日常教育培训；承担局管干部档案资料的收集、整理和管理工作；承担专业技术职务评聘相关工作；负责局机关离退休干部的服务保障工作。
（三）财务审计处
负责编报并执行局机关、新北分局、天宁分局、钟楼分局、戚墅堰分局和直属事业单位年度财务预算计划；拟定并组织实施有关财务会计制度；承担国家和省、市财政拨付的国土资源工作经费、专项经费及其他经费的管理工作；负责本局管理的各项行政事业性收费及专项收费的征收、管理和使用监督；负责局机关及直属事业单位的国有资产监督管理、政府采购工作和社会保险事务；负责本系统有关经费的结转；做好有关税费的征收、协收工作；指导和监督检查辖市国土资源局、分局的财务收支管理情况。承担机关、直属事业单位及挂靠社团组织的财务收支审计，按干部管理权限规定对相关单位领导干部进行离任经济责任审计。
（四）行政服务处
负责集中受理局机关依法实施的行政许可及相关行政管理服务事项；负责建设项目用地预审，国有建设用地使用权划拨、出让、转让、出租（租赁）供地审核，国有土地使用权改变用途、集体土地使用、建设占用国有未利用地审核，土地利用总体规划编制与修改审核；负责采矿许可证审核。承担临时用地审批工作；负责国土资源法规政策宣传解释和接受群众咨询服务等工作。
（五）规划科技处
编制并实施全市国土、土地利用、矿产资源、地质环境等综合规划，组织编制全市地质勘查、矿产开发、矿山环境保护、土地整治、基本农田保护等专项规划；合理分配和监督管理土地利用年度计划；拟订全市和重点地区国土资源综合开发整治的政策措施；指导和审核辖市、镇土地利用总体规划、矿产资源规划和地质环境规划的编制、修改及实施管理；参与城市总体规划和相关专业规划的编制工作，负责各项规划的协调衔接并实施监督管理；组织协调全市城乡建设用地增减挂钩工作；拟订国土资源科技规划计划，承担国土资源科技人才管理、服务和国土资源科技成果申报；负责国土资源综合统计。
（六）耕地保护处
承担全市耕地与基本农田保护的责任，监督检查落实基本农田保护责任和制度；承办农用地转用、土地征收征用工作；组织协调土地复垦开发整理项目库及城乡建设用地增减挂钩项目备选库的编制、审查、报批及监管工作；组织实施土地后备资源调查；组织并指导统一征地和征地补偿安置；负责督促检查全市耕地占补平衡工作。
（七）地籍管理处（测绘管理处）
统一管理全市城乡地籍工作；组织拟订全市地籍工作政策和技术规范，拟订并组织实施全市地籍工作规划、计划；组织指导全市土地资源调查、城乡地籍调查、土地利用变更调查、地籍档案管理；负责市区土地登记、确权发证和土地权属管理工作；负责全市地籍统计汇总及土地动态监测管理；调处重大土地权属纠纷；负责全市地籍信息系统建设；负责市区地籍档案立卷归档和地籍信息库数据入库工作；配合查处采取非法手段骗取土地登记，获取土地权利证书的违法案件。
依法管理全市测绘市场，拟定测绘管理规定并监督执行。制订全市基础测绘规划；组织协调地籍测绘、行政区域界线测绘和其他重大测绘项目的规划、计划和实施；统一监管本级行政区域的测绘市场，依法监督测绘项目的招投标活动；负责永久性测量标志维护和保护；负责地理信息市场和测绘成果质量的监督管理；负责测绘单位的行业统计；负责测绘项目立项的申报；指导城市规划、房产等专业测绘工作；依法查处测绘违法案件；负责全市测绘行业管理和测绘工作的组织、协调与指导。
（八）土地利用处
负责国有建设用地使用权划拨、出让、租赁、转让、土地收购储备的有关管理工作；负责具体建设项目供地方案的审查报批工作；负责农村集体建设用地使用权流转的管理；组织协调国有建设用地公开出让工作；负责跟踪检查各类建设项目土地利用情况；负责组织指导各辖市、区土地节约集约利用考评工作；负责基准地价、标定地价评估更新及地价管理工作，负责土地评估工作的监督管理；配合财务部门做好土地出让金等有关土地规费的征收、协收工作；配合查处非法批地、占地、转让、出租、低价出让土地的违法案件。
（九）地质矿产处
依法进行采矿审批、登记、发证及相关管理工作；负责矿产资源保护项目的申报和监督实施；依法进行矿产资源开发利用方案的审查；依法进行矿产资源开发利用与保护的监督管理；组织开展采矿权人、探矿权人的监督检查及矿山企业矿产资源开发利用情况统计；依法征收矿产资源补偿费和采矿权使用费及价款；组织实施矿产资源储量管理办法、标准、规程、规范；负责矿产资源储量登记、统计；承担建设项目压覆矿产资源、停采或核销闭坑矿山矿产储量等管理事项。
组织矿产资源调查评价；实施对地质勘查行业和地质勘查规划、项目的监督管理；指导和监督矿产资源勘查、矿山地质环境保护与治理；承担古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地的监督管理工作；负责管理水文地质、工程地质、环境地质的勘查和评价；协调、监督并实施地质灾害防治工作；组织监测、监督防止地下水过量开采引起的地面沉降和地下水染污造成的地质环境破坏；负责地热水、矿泉水水源品质检测的监督管理。
（十）法规监察处
研究提出全市国土资源立法规划、计划；组织起草国土资源管理的规范性文件和综合性政策性文件；负责有关法规、规章、政策问题的综合协调；承担规范性文件的合法性审查和报备、清理；办理行政复议、诉讼事宜；组织开展国土资源管理政策法规的调查研究；组织开展国土资源法制宣传教育、咨询和信访工作，推进国土资源部门依法行政；组织实施国土资源法律、法规、政策执行情况的监督检查；依法组织查处国土资源违法案件。
按有关规定设置纪委、监察室、工会、团委。