根据上述职责，市规划局设9个内设机构：
（一）办公室
综合协调局机关政务、文秘、信息公开和行政管理工作，检查督促机关处室工作落实情况。起草全局性工作文稿、文件和领导交办的会议材料；负责规划宣传、规划展示和规划网站工作，负责新闻宣传报道和规划信息的编撰；负责局机关并指导本系统工作调研、目标责任制考核；负责市人大、市政协建议提案的办理；负责全局规划档案的管理工作；负责局行政接待、保卫、保密、安全、计划生育、基建、车辆管理、办公设备、计算机网络等后勤保障工作；负责本局综合计划、审计的归口管理；负责局财务工作和固定资产的购置、使用管理，负责本系统行政事业性收费和事业经费的管理；指导和监督直属单位的财务管理和内部审计工作。
（二）组织人事处
负责局党组的日常业务，局机关党的建设，党员教育管理，指导基层党建工作；负责局政治理论学习、宣传教育、精神文明建设；负责局管干部的培养、选拔、考察、调配、任免、奖惩工作；负责局干部的出国（境）报批；负责局系统机构编制、人事人才工作；负责局干部职工理论、思想政治和技术业务教育培训；负责局统战、双拥和扶贫工作；负责本系统专业人员技术职称评定审核上报和从业人员资格审查工作；负责局系统的人事档案工作；负责指导协调局系统内的工、青、妇工作；负责局机关离退休干部的服务管理工作。
（三）规划技术处（历史文化保护规划处、城市规划测绘管理处）
负责各类规划编制研究任务的组织管理和审查报批工作；具体负责组织协调市区历史文化名城、名镇、名村保护规划工作，负责市区历史建筑保护方案的规划编制；负责城乡规划测绘和信息化指令性任务及科技进步的相关组织管理工作；负责城乡规划编制和城乡规划测绘的行业管理；具体负责市规划委员会秘书处、规划鉴定委员会、专家咨询顾问委员会和局审议会的组织协调工作；负责重大项目规划设计竞选、竞赛的组织工作；负责局机关内部各处室的技术业务工作的协调工作和有关规划技术标准的拟定。参与市政、村镇规划等规划审查；参与各类建设项目的技术审定；配合规划业务宣传工作。
（四）用地规划管理处
负责城市规划区内建设项目的选址，参与城市规划区内建设项目可行性研究，审核市域范围内的涉及全局性的重大建设项目和重要基础设施的选址定点，审核和报批建设项目选址意见，负责修建性详细规划审核报批；负责建设用地规划管理，参与制订土地开发供应计划，负责土地使用权出让、转让的规划管理工作，负责招、拍、挂土地的规划条件拟定；办理建设用地规划范围的划定、审核和报批用地规划、建设用地规划核定内容的变更手续；负责修建性详细规划方案竞选工作；配合有关部门查处违法用地案件。
（五）建筑规划管理处
负责城市规划区内新建、扩建、改建各类建设工程设计方案（含临时建筑）的规划审核和报批；负责建设工程规划许可内容的审核和报批；负责建设工程设计方案和施工图规划审核，审核和报批建设工程规划，办理建设工程规划核定内容的变更手续；负责建设项目灰线查验；参与规划竣工核实工作；负责建（构）筑物室外装饰装修的规划设计审查；配合有关部门查处违法建设案件。
（六）市政规划管理处
负责户外广告设施、城市雕塑、绿化设施等建（构）筑物、市政工程（包括道路、桥梁、轨道交通、涵洞、管线、码头等）规划许可内容的审核报批工作，核准上述市政工程的“一书两证”；负责市政工程验线、规划竣工核实和测量数据更新；参与相关专项规划的编制；参与全市的人防工程、铁路、公路、道路、码头、桥梁、涵洞和管线工程及附属工程设施的规划及工程设计的审查工作；负责各类管线规划综合。
（七）村镇规划管理处
负责全市城乡一体化规划、新农村规划的统筹协调和组织指导，指导、组织和参与县（市）总体规划、全市镇规划、村庄规划的编制和调整工作；组织开展村镇发展战略和村镇规划研究工作；负责市区重大村镇建设项目的规划管理，参与县（市）重大项目的可行性研究、选址和方案审查，指导和监督各县（市）、区实施村镇规划工作；参与村镇规划执法检查，组织开展村镇规划业务培训。
（八）法制监督处
负责拟订城乡规划法制工作计划；负责局机关规范性文件的起草、修订、审查和报批工作；指导规划执法队伍建设，对行政执法和规划许可工作进行监督指导；负责局行政处罚案件的审核；负责局听证、行政复议、行政诉讼的组织协调；负责城乡规划相关法律法规和政策的宣传、培训工作；负责建设项目竣工的规划核实；负责局信访工作；负责局“三合一”网络平台的组织协调。
（九）行政服务处
负责局机关依法实施的行政审批、行政管理服务事项扎口工作；负责建设项目在局内处室的运转交接；负责报建项目资料的整理汇总、统计；负责报建项目规范化运作，社会服务承诺制、行政管理公示制的督办工作；负责报建项目“一书三证”的发放工作。
机关党委 负责局机关和直属单位的党群工作。
四、派出机构
市规划局设置5个派出机构，分别为：市规划局新北分局、武进分局、天宁分局、钟楼分局、戚墅堰分局，其中新北分局为副处级建制，其余分局为正科级建制。
新北分局下设：综合科、规划技术科、规划管理科、规划监察科，均为副科级建制。
各分局根据市规划局授权，负责本区域范围内的城乡规划管理工作。