根据上述职责，市审计局设13个内设机构：
（一）办公室
负责文电、会务、信访、财务、接待、安全、保密和后勤保障等局机关日常运转工作；起草和审核有关文件、报告及管理制度；承办信息和宣传稿件的审核、报送；发布局机关政务公开工作事项。
（二）法制综合处
参与财经、审计法规研究，起草审计规范性文件；组织实施审计普法教育，负责审计业务复核审理，办理审计听证、行政复议、行政诉讼应诉事项；组织实施审计项目质量检查和审计业务考核；编制全市年度审计项目计划；负责审计科研、统计、档案等工作；指导下级审计机关的相关工作。
（三）财政金融审计处
组织审计市本级预算执行和其他财政收支情况；组织审计辖市、区政府预算执行、决算和其他财政收支情况；负责审计市属金融机构及所属企事业单位的资产、负债和损益情况；根据审计署的安排，组织全市审计机关审计中央在常州的金融机构的资产、负债和损益情况；开展财政金融专项审计及审计调查；指导下级审计机关的财政金融审计业务。
（四）行政事业审计处
组织审计市人大机关、市政协机关、市法院机关、市检察院机关和政党组织、社会团体的财政财务收支；组织审计市政府有关部门和直属单位的财政财务收支；组织审计市政府主管部门管理的教科文卫专项资金；开展相关专项审计调查；指导下级审计机关的行政事业审计业务。
（五）经贸审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；组织审计市属国有企业和市政府规定的市级国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债及损益；开展相关专项审计调查；指导下级审计机关的经贸审计业务。
（六）社会保障审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；组织审计市政府主管部门管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障资金、社会捐赠资金、住房保障资金及住房公积金等；开展相关专项审计调查；指导下级审计机关的社会保障审计业务。
（七）固定资产投资审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；组织审计市级政府投资和以市级政府投资为主的建设项目的预算执行情况及决算；开展相关专项审计调查；指导下级审计机关的固定资产投资审计业务。
（八）农业与水利、环保审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；组织审计市政府主管部门和辖市、区政府管理的农业专项资金、资源能源及生态环境保护资金；开展相关专项审计调查；指导下级审计机关的农业与水利、环保审计业务。
（九）外资运用审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；根据上级审计机关授权，组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支；组织审计市属有关企业的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查；指导下级审计机关的外资运用审计业务。
（十）经济责任与内部审计指导处
拟订全市经济责任审计的有关规定、办法；负责对全市经济责任审计工作的指导检查；组织协调和督导市管领导干部及依法属于市审计局审计监督对象的其他单位主要负责人经济责任审计工作；对全市内部审计工作进行指导、监督。
（十一）计算机审计处
负责全市审计机关计算机辅助审计系统、审计管理系统的规划与管理，指导全市“金审工程”建设和管理；组织全市审计机关计算机审计软件的评审、推广和成果考核；承担市局机关信息化网络建设、管理、维护及计算机审计方面的其他工作。指导下级审计机关审计信息化建设和应用。
（十二）审计业务监督处
负责审计业务的全程质量监督，促进审计执法行为规范；依法检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题；监督审计纪律的执行，维护审计形象；开展对外聘机构和人员的审计质量监督；配合相关部门对国家审计人员违纪事项或行为的查处和对中介机构及参审计人员违纪问题的查处；负责并协调有关经济案件的审计工作。
（十三）人事教育处
承担局机关的机构编制、人事人才管理、教育培训等工作；办理局机关人员出国有关事项；负责局机关离退休人员的服务管理工作。
机关党总支 负责局机关的党群工作。